Девичьи воздушные силы

В мирном небосклоне Земли неожиданно появляются загадочные летающие аппараты, известные как «Дзай», которые с легкостью подавляют все воздушные силы человечества. В ответ на эту угрозу, каждая страна начинает разработку специального оружия — «Дочерей», управляемых автоматическими системами пилотирования «анима», внешне напоминающими обычных девушек.

Прошло уже несколько лет с тех пор, как Дзай начали наступление на военные базы Восточной Азии. Главный герой истории, Кэй Нарутани, возвращаясь на корабле в Японию, сталкивается с атакой Дзай вблизи Шанхая. Во время бегства на спасательной лодке он видит, как красный истребитель сбивает вражеский аппарат, но сам также терпит крушение.

Решив помочь, Кэй обнаруживает в воде не пилота, а маленькую и хрупкую девочку по имени Грипен. Эта девочка, управляющая истребителем, является последней надеждой человечества в борьбе с нависшей угрозой.