Синдзи Икари, молодой пилот, прошёл через множество опасных битв, быстро освоив управление гигантским роботом "Евангелион" для защиты человечества от монстров, разрушающих города. Вместе с друзьями Аской и Рей, он противостоял многочисленным "Ангелам", опасным созданиям, угрожающим существованию людей.
После успешного завершения парижской операции воздушным флотом организации WILLE, которая отбила атаку беспилотных роботов и восстановила защитный купол, человечество получило новые запчасти для "Евангелионов". Это позволило восстановиться и продолжить борьбу за выживание в условиях постоянной угрозы.
Несмотря на тяжёлые потери, включая смерть Каору, Синдзи, Рей и Аска отправляются в Третью деревню, один из оплотов человечества на Земле. Впереди их ждут новые испытания, где на кону стоит судьба не только людей, но и всей планеты. Борьба за выживание продолжается, и "Евангелионы" готовы к новым миссиям, где каждый шаг может решить исход битвы.