Лиричная волшебница Наноха

История повествует о Нанохе Такамачи, юной ученице начальной школы, которая живет обычной жизнью вместе с семьей, включая родителей и старших брата с сестрой. Однажды её повседневность прерывается, когда она спасает раненого говорящего горностая, который на самом деле является магом из параллельной вселенной по имени Юно Скрая. Юно, занимающийся археологией, прибыл на Землю с целью собрать опасные артефакты под названием "Драгоценные Семена", которые он впервые обнаружил в своем мире.

Драгоценные Семена обладают способностью наделять живые существа сверхъестественными силами, часто превращая их в монстров. Юно, получивший ранение от одного из таких монстров, вынужден полагаться на помощь Нанохи, которая во время его выздоровления в форме горностая становится его союзником. Он дарит ей магическую палочку "Raising Heart", и неожиданно для обоих Наноха демонстрирует значительные магические способности.

Таким образом, Наноха и Юно начинают совместное путешествие, направленное на борьбу с монстрами и сбор Драгоценных Семян. Однако они не знают, что охота за этими артефактами становится все более конкурентной, и они не единственные, кто стремится заполучить эти могущественные предметы.